唇腭裂的治疗是一个系统的工程，我们称之为序列治疗，需要分阶段分步骤进行全面治疗。
1、在患儿6个月左右时，身体条件较好（无感冒发烧，咳嗽，面部特别是唇部不要有湿疹，营养状况良好），可以行唇裂修复术。如果是双侧唇裂的患儿，手术时间应推迟至出生后12个月。
2、2岁左右要完成腭裂修复手术，因为在患儿开始学说话前及时手术、术后配合语言训练对日后患者的发音说话至关重要。如果唇腭裂同时存在，应分开手术，先做唇裂，然后再作腭裂。当然条件允许的话已可以同期手术。
3、初次唇裂修复后，若外观仍有不满意之处，可在学龄前、上中学前、或在成年后接受唇鼻整形美容手术。以利于患者在上学后心理的发育。
4、若唇腭裂影响到牙槽骨，大部分患者需要在9-11岁接受牙槽嵴裂的植骨修复，以便使裂开的牙槽骨融为一体，关闭口腔和鼻底之间的口鼻漏。
5、如果腭裂患者手术后仍然存在腭咽闭合功能不全:即说话时尽管在早期鼻音重、鼻漏气、发音错误、不易被听懂等，通过语音治疗后效果改善不显著，此时应根据语音评定结果、鼻咽镜、X线多维动态摄影、语音频谱分析仪等检查结果，再次施行手术来矫正患者的腭咽闭合不全，以使其获得良好的发音机能。
6、部分唇腭裂患者常有不同程度的面部畸形或面中部骨骼发育不全，已经表现为上颌骨后缩、面中部凹陷、下颌骨前突及反颌畸形等，需要接受颌骨畸形的外科矫正手术、口腔正畸、口腔修复或口腔种植等，以进一步改善面部畸形和恢复咬合功能。
